方公贤教授从事肿瘤临床工作三十九年，在胃肠癌临床专业上具备很高的造诣。他亲身经历过四千多例胃肠癌手术综合治疗，总结出了一系列提高胃肠癌生存率与生存质量的新理念、新措施、新方法。率先在国内提出确保Ⅰ、Ⅱ期胃肠癌患者存活5年以上的承诺性举措。为提高胃肠癌早期检出率，率先在国内提出肿瘤多信号、动态式与肿瘤专科医师零距离接触的“家庭医生”式的肿瘤一、二级预防模式。为提高胃肠癌患者生存率，降低术前化疗毒副作用，率先在国内开展旨在杀灭胃肠癌亚临床转移癌的区域性新辅助化疗（该项工作在国内开展得最早，完成的例数最多，使Ⅱ、Ⅲ期胃肠癌患者的生存率提高了近30个百分点。）并在国际上率先提出胃肠癌亚临床分期新的尝试。为调动了医务人员的积极性与创造性，确保手术步骤充分做到标准化、规范化、骨骼化，使患者安心、家属安心以进一步和谐医患关系，他又率先在国内开展以“主刀医师单病种同病期治疗生存率”为指标的医疗质量控制监测措施的管理理念。方公贤教授具有开拓性地引出了近20种在提高胃肠癌生存率与生存质量的个体化治疗措施，形成了一套胃肠癌的完整防治体系。先后发表有价值的医学论文50余篇，并在全国性、省级杂志发表或在国际会议上宣讲，曾获得省厅科技进步奖，省发明创新奖及全国科技大会等奖项。
胃肠癌是常见病、多发病。然而人们在胃肠癌如何规范性治疗问题上存在许多误区，似乎只要进行胃次全切除或全胃切除或大肠切除便可达到胃癌或大肠癌的手术目的，以至近二、三十年我国胃肠癌五年生存率未见明显提高。
方教授经过数十年的悉心研究，有了一套全新的见解。首先，他认为要抓住与患者的生存率息息相关的每一个环节，如：是否具备手术适应条件；术前是否需要进行针对性杀灭亚临床转移癌；术中还要根据原发肿瘤的位置、大小、累及深度选择不同手术方式；还要通过术中局部腹腔冲洗液细胞学检查，淋巴终末端及残端的病理快速切片确定转移规律，确定针对性清扫范围；还要结合术后病理报告及免疫组化以确定手术级别及临床、亚临床转移状态，明确临床及亚临床分期，为术后个体化辅助治疗奠定基础；并要将质量监督管理理念纳入主刀医师的治疗全过程，形成同病种、同病期的可比性，；最后还要通过随访总结长期生存的经验与失败教训，以提高肿瘤临床医生的肿瘤观念。以上环节缺一不可，这也正是全国高科技健康产业为确保胃肠癌患者长期存活所赋予我们的指令性任务。对此，方教授充满信心。事实证明，近年来随访Ⅰ、Ⅱ期胃肠癌患者五年的生存率达到93.2%，他认为随着治疗水平的提高，不久的将来，必然会达到更高的水准。
其次，方教授认为，我们不光要在医学领域上有所突破，还要改变人们的观念。比如老年人患了癌症，很多人的脑海中都遗留着一种错误的观念，认为年龄大了，不必去冒手术的风险。而实际上老年人也应该拥有他（她）们的手术权，只要他们具备手术适应条件。方教授曾亲自为一位97岁高龄的老太太成功开展了全省最年迈老人的结肠癌根治术。实践证明，只要严格把握手术适应症，遵循诊疗规范，年龄并非是制约手术治疗的门槛。像这位老人，只要注意保养，完全有可能成为百年寿星。方教授说，他所在的肿瘤科，80多张病床中，三分之二以上均为七、八十岁手术或等待手术的患者。他们还曾为一个腹腔曾经开过4次手术（一次胃手术，三次胆道手术）的83岁食道癌患者，成功进行了结肠代食管三野根治术。
最关键的是胃肠癌手术治疗（胃肠癌的治疗仍然是以手术为主的综合治疗）一定要规范化、标准化。我国每年死于胃肠癌的病人大约是50万人，按5年生存率每提高一个百分点，就会有3万多人免于死亡。如能严格按规范来做胃肠癌切除手术，能大大提高病人的生存率。但如何规范地操作目前尚没有一个严格的的指标，也就是说尚无卓有成效的手段来衡量医师的手术操作是否规范。方教授在实践中提出了确立可行性的胃肠肿瘤生存率质量控制指标的新观点。他认为，不规范手术的随意性大，医师仅凭个人经验，各行其是，手术效果良莠不一，影响了病人的生存率；不规范的手术也无法开展个体化的治疗。因为个体化治疗需要对疾病的定性、定量和定位。而没有一个客观准确的手术标准，手术后只能对肿瘤定类型和病期，这仅仅只是解决了定性的问题；不规范手术后也无法对病例进行科学的总结，更谈不上开展科研工作了。因为各个医师凭各人经验，手术中切除的位置不相同，有的彻底，有的不彻底。同样是胃癌同一期的病人，手术缺乏标准，手术后的病人都接受化疗（其实有的无需），但由于缺乏同一个基础，他们的疗效无法进行比较。在“首届全国推广应用胃肠肿瘤质量控制学术研讨会”上，全国著名的胃肠肿瘤专家、学者齐聚一堂探讨胃肠肿瘤的规范治疗。方教授在会上作了《胃肠癌（R0R1）复发转移相关因素的数字手术病理表达的价值》的学术报告，提出了“将手术复发转移相关因素在病理层面上以数字形式予以表达”的观点，并具体列出10项手术数字控制的指标。这在学术界处于领先地位。2008年12月这项研究成果获福建中医学院科技进步（科技类）奖一等奖。2008年11月中华医学会与省人民医院共同召开“首届全国推广应用胃肠肿瘤质量控制学术研讨会”来推广这项新成果。）
