1942 年 8 月创办，始名福州市立初级中学
1947 年改名为福州市立中学
1950 年改名为福州市立第一中学，先后将私立乐群、黄花岗、中建、福华中学划归入市立第一中学
1952 年正式定名为福州第三中学
1953 年被定为市重点中学
1959 年被定为省重点中学
1963 年被定为福建省首批 14 所省级重点中学之一
1994 年被定为福建省首批普通中学一级达标学校九十年代以来，联办光明、黎明中学，并协助铜盘中学、连江尚德中学办学
2002 年创办福州三中金山校区
2003 年被评为福建省首批示范性高中
2003 年创办福州励志中学
2006 年创办福州三中爱迪生中加友好实验班
2013 年创办福州三中罗源滨海学校
2014 年创办福州三中罗源校区
2017 年与福州十九中紧密联合办学，该校加挂“福州三中初中部”校牌
2019 年创办福州三中滨海校区、晋安校区
2020 年成立福州三中教育集团
2022 年被确认为首批省级示范性普通高中
